FileWriter filewriter = new FileWriter(file, true);

filewriter.write("はい。元気です\r\n");
filewriter.write("ではまた\r\n");

filewriter.write("\r\n");

↑サンプルソースまんまだが保存されたファイル開くと「\r\n」が文字列になっていて改行にならないんだが。