NSとCGで挙動が違うのは正規仕様なんでは？
Class NSAffineTransform と Struct AffineTransform がInterchangableなのであって
Class NSAffineTransform と Class CGAffineTransform が互換あるとは言ってないような...
非publicなメンバの値まで一致させないといけない理由はないと思うんだ