追加→新しい項目→カスタムコントロール
で、追加されたコードのControlの部分をCheckBoxに。
OnPaintの所は、例えば↓みたいすれば、クリックするたびに赤と青が入れ替わる
protected override void OnPaint(PaintEventArgs pe)
{
　　using (var brush = new SolidBrush(Checked? Color.Red : Color.Blue))
　　{
　　　　pe.Graphics.FillRectangle(brush, ClientRectangle);
　　}
}
一度ビルドすると、ツールボックスに載るのでドラッグ＆ドロップでフォームに配置できる