ファイル丸ごと更新はなんとなく嫌だというだけなら認識を変える
巨大なデータなのでファイル丸ごと更新は負荷がかかるならデータベース使う
理由はないけど諸々の都合により要件に組み込まれてしまっているならデータ構造を変える