そもそも中間テーブルのクラス(エンティティ)は必要なのか?
そしてその中間テーブルCに対して、A,Bそれぞれから外部キー制約が必要なのか?

NOなら、中間テーブルの作成すらコードファーストで勝手にやらせるだけ

YESなら、Aのエンティティが持つのはBじゃなくてCのエンティティ、Bも同様