>>395です。
お返事ありがとうございます。
なんかPCを再起動してやってみたら、コードは一つも直していないのに、全件入るようになりました＿|￣|○
しかも何回やっても全部入るみたいです。

>>402
確認したのですが1回目と2回目の差分は何の変哲もないデータで、Insertされているデータと比べ変なところはありませんでした。
また、1回目2回目共に同じデータです。
データベース側のログ、確認してみます！

>>403
件数はACCESSにて全体件数が自動表示されますので、それで確認しています。
スクロールしても、やはりその件数までしかレコードが表示されていないことも確認しています。

>>404
deleteとupdateはこんな感じです。
String sql_del = "delete from KINMU where プロジェクトcd = ?";
pstmt_del = con.prepareStatement(sql_del);

String sql_upd = "UPDATE LASTUPDATE SET 最終更新日時 = ? where プロジェクトcd = ?";
pstmt_upd = con.prepareStatement(sql_upd);

Date date = new Date();
SimpleDateFormat sdf = new SimpleDateFormat("yyyy年MM月dd日 HH時mm分ss秒");
String last_update = sdf.format(date);
pstmt_del.setString(1, strAry[0]);
pstmt_del.executeUpdate();
pstmt_upd.setString(1, last_update);
pstmt_upd.setString(2, strAry[0]);
pstmt_upd.executeUpdate();