>>91
スタートボタンにドラッグ&ドロップして作成されたショートカットを右クリックしてプロパティを見る
「ショートカット」タブの「リンク先」と「作業フォルダー」、「全般」タブの「場所」の値を確認

上記パスとツールのページにあるブラウザの設定で設定したパス
この周辺を一応アプリケーションの起動中にチェック

手っ取り早い解決法は、ワンクッションかかるがlogbook-kai.jarがあるフォルダへのショートカットをスタートメニューに登録すること

以下は実行ファイルのカレントディレクトリを確認するC#プログラム(パスが2つ出るが、別々の手段を踏んでいるだけでやっていることは同じ)
http://fast-uploader.com/file/7020506750653/

ただしJAVAとかそのツールの実行環境は知らん

てか>>96を見て思ったんだが、ショートカットじゃなくてスタートメニューに実行ファイルそのものを意図せずコピーしてないか？