あ、これでいけるかな？

1. 絶対に使われていないであろう文字を一つ用意する(ゑ、ゐとか)
2. 一応全処理範囲にその文字が存在しないか検査する
2a.あったらアラート出して止める
3. 置換ワード1は「ゑ@ゑ」、置換ワード2は「ゑ@@ゑ」に置換する(@の数は置換リスト数だけ増えるようfor nextで)
4. 本命に置換する

これなら偶然繋がってた元の置換ワードが偶然別の仮置換ワードと一致しちゃう可能性は無い