>>365
こんな感じかな？

For r1 = 2 To Lastrow1　　' ※1シート目の最終行まで
　　flag = True
　　For r2 = 2 To Lastrow2　　' ※2シート目の最終行まで
　　　　If Sheet1.Cells(r1, 2) = Sheet2.Cells(r2, 2) Then　　' ※2列目に番号があり合ってれば
　　　　　　flag = False　　' ※この行はコピーしない
　　　　End If
　　Next r2
　　If flag Then　　' ※この行は1シートにしかないので
　　　　Sheet1.Rows(r1).EntireRow.Copy Destination:=Sheet3.Rows(r1)　　' ※3シートにコピー
　　End If
Next r1

For r2 = 2 To Lastrow2　　' ※2シート目の最終行まで
　　flag = True
　　For r1 = 2 To Lastrow1　　' ※1シート目の最終行まで
　　　　If Sheet1.Cells(r1, 2) = Sheet2.Cells(r2, 2) Then　　' ※2列目に番号があり合ってれば
　　　　　　flag = False　　' ※この行はコピーしない
　　　　End If
　　Next r1
　　If flag Then　　' ※この行は2シートにしかないので
　　　　Sheet2.Rows(r2).EntireRow.Copy Destination:=Sheet3.Rows(r2)　　' ※3シートにコピー
　　End If
Next r2