Sheet4を追加して、下のように変えて実行してみたらわかるかも

With Sheet3.Range("A1").CurrentRegion
.AdvancedFilter Action:=xlFilterCopy, CriteriaRange:=Sheet2.Range("A1").CurrentRegion, copytorange:=Sheet4.Range("A1")
End With

xlFilterInPlace→xlFilterCopy に変えて
コピー先をSheet4.Range("A1")に指定

Sheet3の表に、Sheet2のフィルタ条件で、フィルタした結果をSheet4にコピーする