形態素解析は、mecabとかどうかな。
http://mecab.googlecode.com/svn/trunk/mecab/doc/index.html?sess=3f6a4f9896295ef2480fa2482de521f6#parse

> % mecab
> すもももももももものうち
> すもも 名詞,一般,*,*,*,*,すもも,スモモ,スモモ
> も 助詞,係助詞,*,*,*,*,も,モ,モ
> もも 名詞,一般,*,*,*,*,もも,モモ,モモ
> も 助詞,係助詞,*,*,*,*,も,モ,モ
> もも 名詞,一般,*,*,*,*,もも,モモ,モモ
> の 助詞,連体化,*,*,*,*,の,ノ,ノ
> うち 名詞,非自立,副詞可能,*,*,*,うち,ウチ,ウチ
みたいに解析してくれる。

ここから自力でなんとかするか（例えば助詞を取り除いて比較するとか）、
あるいは、俺は知らないけど、類似度を計算してくれるライブラリそのものがあるかもしれない。