Javaだな。

C#よりJavaのほうが歴史あるし、本家(Oracle)によるLinuxとMac OS Xのサポートがあるし
OpenJDKでFreeBSDなどにも対応しているしね。
(C#も、monoはあるけど)
あとはJavaはAndroidのDalvik VMのプログラムとある程度互換がある。
でも将来性考えたらJavaはあまりよくないと思うよ。
あまり深入りしないほうがいいね。
マイクロソフトがサポートしている分だけ将来性はC#のほうがあると思う。
Javaは一回会社がつぶれているしね。(Sun microsystems)
Javaアプレット撤退予告は痛いね。
Javaの優位性がひとつ消える。
C#もJavaも逆コンパイルされてソース丸見えなんで使える用途は限られる。
Windowsのソフト作るならC++ Builderでよいかと。
大問題なのはCとの上位互換がないこと。
できるかぎり、CまたはC++を使うべきだね。