Windows専用のプログラムを作るなら、C/C++だね。
起動が遅い、実行速度が遅い、メモリ消費が多い、.NETのインストールが必要なC#は、
ユーザーのために使わないのが一番。
C#で作ったと言うだけで、ユーザー側からは、三流ソフトの烙印を押される。

UNIX/UNIXライクOSのプログラムはJavaがいい場合がある。
C/C++でもいいけど、GPL/LGPLライセンスに感染したり、ライブラリの依存関係で起動しなかったりする問題があって
必ずしも、UNIX/UNIXライクOSでは、C/C++が便利とは言えないんだ。

どっちみち、C#は使うべきでないかな。C/C++とJavaがある限りC#不要。
C#なくてもC/C++とJavaだけで全OSカバーできる。
WindowsならC/C++を使え。

C#とJavaは、ソースを逆コンパイルされてソース丸見えだしね。
それでもどうしても使いたい理由があれば仕方なく使うけど、なければC/C++しか選択肢はない。
オープンソース同等でもいいって場合にしか、C#とJavaは無理って感じかな。