グローバル変数や、Public Subの名前を変更したいとき、
それを確実にすべて変更する方法ってありますか?

置換は確実じゃないのでダメです。
例えば、manという変数をmaleに置換しようとしてまちがってwomanという変化をwomaleにしてしまう可能性があるからです。