例えば会社で社内のサイトでjavascriptを複雑に使ってるサイトがあって
それを解析して自分で機能を追加したいときには
どういうツールを使うのが定番ですか？

たとえばまさかソースをメモ帳で見て1行1行読むというのは時間がそれだけで1日つぶれそうなのですが。