>>404
以前似たような質問をしてた方と同じ人ですか？　
前回ともども、ろくすっぽ調べもせずテキトウに答えちゃってごめん。

いろいろ試してみたんだけど、どうやら無理っぽい。
html-locationはその時にインストールしたパッケージの内部のドキュメントのリンク先を変えるものらしい。
haddockにある別のオプションを変えることで、ドキュメント右上のContentsや、Indexの参照先を変えることはできた。
でも、ご所望の、パッケージが依存している別のパッケージのドキュメントへのリンクは、書き換えられないみたいだ。

すべてのパッケージのドキュメント位置の情報は、ghc-pkg が握ってる。

$ ghc-pkg field '*' haddock-html
...
haddock-html: /usr/local/Cellar/ghc/7.10.2/share/doc/ghc/html/libraries/array-0.5.1.0
haddock-html: /usr/local/Cellar/ghc/7.10.2/share/doc/ghc/html/libraries/base-4.8.1.0
haddock-html: /usr/local/Cellar/ghc/7.10.2/share/doc/ghc/html/libraries/bin-package-db-0.0.0.0
haddock-html: /usr/local/Cellar/ghc/7.10.2/share/doc/ghc/html/libraries/binary-0.7.5.0
...

これらの情報を参照して、haddockはパッケージのリンク先を書くんだと思う。
だから、やりたいことを実現するには、そもそもの依存パッケージの位置を変えるしかない。
(cabalを通して呼ばれるhaddockにだけその情報を渡す方法があるのかもしれないが、俺の調査ではわからなかった。
cabal installへのフラグ--haddock-option=--optghc=-package-db=hoge/.../package.conf.dなどを試したけど何も変わらず)