AndroidStudioってガチガチに規約を定めた上でのレール上でだけしか開発出来ないってイメージ
Eclipseで普通に1つのワークスペースで複数プロジェクト扱っているものは移行出来なさそう
1つのリポジトリに複数のプロジェクトがあることとか想定してなさそうなイメージ