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NDKのCのコードをコンパイルしてリンクするだけなら、Android StudioがNDKサポートしてなくてもgradleのコードをゴリゴリ書けばできてしまう

Android Studio1.2以前向けのgradle-pluginでは非公式にNDKのCコードをコンパイルしてリンクするための仕組みが組み込まれていた

今ベータ版のAndroid1.3では1.2とは別のNDKサポートが試験的に導入されていて、専用のgradle-pluginを使うことでこれが有効になる
Cのデバッガなんかがちゃんと使えるようになるのはたぶん1.3から

ネットの情報は上記がごちゃごちゃ