その場合、[A→B→C→D]をまとめたものをmaster(3)にすればいいと思うのだが

なんでfeatureブランチの各コミットを直接masterにつなごうとするのかがよく分からない
このケースだと、AC、B、Dがそれぞれ別ブランチになってないのが問題なのでは？