公開済のゲームを修正しようと、デバッグ用にビルドして立ち上げたら、
保存されていたデータが消えてしまいました。
原因としてはどんなものが考えられますか？

心当たりと言えばGoogleゲームサービスのUnity用のプラグインのバージョンを古くした事。
前使っていたバージョンでは「保存済ゲーム」のサービスが使えて、今回使ったバージョンでは使えないという事です。

デベコンでは一度、保存済ゲームサービスを使用する設定をオンにしたので
公開後にオフに出来ない様です。