もう少しわかりやすく書いてみました。
A-B-C(a)
B-D(b)
(Bが分岐点)

この状態から
A-B-C-E(a)
としたのですが、Eがbにも必要なことがわかりました。

rebase -iで
A-E-B-C(a)
としたら、Bから分岐してるbにもEが適用されてると思ったのですが、
A-E'-B'-C'(a')
となったようで、aを修正したつもりが単にa'を作ってしまったようになり、
bにはEが適用されないままとなってます。

実際にはbのようなとブランチがもっとある状況です。

>>853
ontoで、Dの親をB'にしてしまえばよさそうですが、
これもb'ができてしまいそうで、bが複数分岐していた場合、その枝も付け直すひつようがありそうです。
>>854
不慣れでマージがまだ理解できてません。2番目は>>853と同じでしょうか。

分岐点より前のものにコミット変更やると、どうしても分岐点後の各ブランチとは別歴史となってしまいそうな気がしてきました。