>>13
詳しく調べてないので外してたらすまんが、マージコミットをパッチにはできなかったはず。

ベースになるコミットから現在のHEADまでマージコミットについてはmerge --squash しながら再構成、
新しいHEADとオリジナルのHEADをdiffして漏れがないのを確認後、format-patchするとかでどうかな。