何にしろ、リバースエンジニアリングの禁止が法的根拠を持つかどうかという話と、
契約でそれを禁じることが可能かどうかはそもそも全く別問題じゃないのかと。

リバースエンジニアリングの禁止に根拠法があろうがなかろうが、
契約で相手（ユーザーだったり発注側だったり）を縛ることは普通にできるでしょ。
出来なきゃ困るよ。