EnumWindows APIでトップレベルウィンドウを列挙して
ウィンドウクラス名が"CabinetWClass"なウィンドウにWM_CLOSEを投げるとか
昔はExploreWClassなんてクラス名もあったようだが

別の方法: IShellWindows::FindWindowSWでSWC_EXPLORERなウィンドウを見つけて閉じまくる