おそらくこんな感じでメインのスレッドをロックしてるからじゃねえの

pubilc static void main(String[] args) {
 p = Runtime.getRuntime().exec(new String[] {"hoge.exe"}));
 int exitCode = p.waitFor();
}




pubilc static void main(String[] args) {
 (new Thread(new Runnable(){
  public void run() {
   p = Runtime.getRuntime().exec(new String[] {"hoge.exe"}));
   int exitCode = p.waitFor();
  }  
 })).start();
}