NDSの開発用SDKの仕様なんかよく知らんが、要するにfloat使ってたせいなの?
中の石(ARM946E-S)の仕様を見る限りでは32ビットARMアーキテクチャで、
IEEE 754に完全対応(倍精度もOK)らしいんだけど……
http://www.arm.com/ja/products/processors/classic/arm9/arm946.php