配列に関してはうちの環境だとこんな感じでした
http://ideone.com/VewfYv

10000 x 10000
jagged : 00:00:23.4685876
square : 00:00:16.7713101

100 x 100
jagged : 00:00:00.0005807
square : 00:00:00.0006616

昔のCLRだとラージオブジェクトの扱いが
うまくなかったので２次元配列が不利だったのかと
予想してみる。