たぶんものすごい基礎的なことだと思うんですが、すみません。
Use of uninitialized value in string ne at /path/to/myscript.pl line 100, <DATA> line 800.
とエラーログに出ます。
該当スクリプトの100行目は↓のようになっていて、特に問題は無さそうです。
if(exists($hoge->{FUGA}) &amp;&amp; '' ne $hoge->{FUGA}) {
このスクリプト自体は800行もなく、「<DATA>」が何なのか分かりません。
もしよかったら教えてください。