もう少しわかり易い例を出してやろう。

$array[0] = 1;
$copy = $array;
$copy[0] = 2;
print($array[0]); // 出力 = 1

$arrayは変えずに$copyの値を変えているだけだから当然だな。

$array[0] = 1;
$dummy =& $array; // ←一行増やしただけ
$copy = $array;
$copy[0] = 2;
print($array[0]); // 出力 = 1

増やした一行の$dummyは何も使っていないのだからこれも当然だな。

$array[0] = 1;
$dummy =& $array[0]; // ←配列にしただけ
$copy = $array;
$copy[0] = 2;
print($array[0]); // 出力 = 2

仕様だと強弁した所で、どう見てもこれは明らかにバグだろ？