プロジェクトファイルで
<PropertyGroup>
<TargetFrameworkVersion Condition=" '$(TargetFrameworkVersion)' == '' ">v3.5</TargetFrameworkVersion>
こんな感じにして
C:\Windows\Microsoft.NET\Framework64\v4.0.30319\msbuild.exe hogehoge.sln /p:Configuration=Release /p:TargetFrameworkVersion=v4.0 /t:Rebuild
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ってやって3.5と4.0分けてる。
今そうやってビルド分けしてるの見たけど絡むのはそれぐらいかなー
ほかにもターゲット次第でゴニョゴニョしたいところはTargetFrameworkVersionをConditionにしてゴニョゴニョしとる。