ゲームエンジンはWinAPIとはあまり関係ないからね
ウィンドウの作成周りに使ってる可能性は高いけど
そんだけの事で、他の多くはWinAPI介さずに直でハードウェアとやり取りする

アプリ開発は　.NETでやっていける
そもそもマイナーなWinAPI関数とか、ウィルスの作成に利用されるリスクもあって
MSにとっても使って欲しくはない産物だと思うから
いずれ消される時に消される
今からWinAPIを拡張とかがまずありえないんだよ