アプリケーションに汎用さをもとめるだけなら、desktop(javase,javafx)でなくweb(js,javaee)でいいじゃないですか。
カード型専用端末やキオスク組み込みでjavame,javafxが普及(利用)できるかがjavaライブラリの今後の課題だとは思いますけど。
しかしあなたの論点は、せっかく丹精込めてこしらえたモジュール等が実行可能かどうかであって、logicの移植・環境依存を気にしてるようですが、それがui/uxに関係してないでweb(js,html5)やサーバ側で動作できれば問題なく、言語とかライブラリの論点ではありません。