すみません、色々試していて混乱していましたが、
ただしくは以下の動作でした。

（１） MainActivity -> Activity2 -> ここで実行 -> MainActivity
--[BACKキー]--> HOME画面
（２） MainActivity -> PreferenceActivity, ここで実行 -> MainActivity
--[BACKキー]--> MainActivity --[BACKキー]--> HOME画面

この動作の違いに困っています。
よろしくお願いいたします。