Windows API の FlashWindowEx を使えば光らせることが出来るらしい。
Add-Type で適当なクラスを作って P/invoke で呼び出せばいい。

MS 公式で cmdlet 化したものを配布してるからそれつかってみたらどうかしら。
サンプルにある Start-Sleep -Seconds 5; Get-Process -Id $PID | Invoke-FlashWindow を実行してから
最小化してほっといたら5秒後にペカペカ光ったよ。

http://gallery.technet.microsoft.com/scriptcenter/Invoke-FlashWindow-df3d6762