自分でも何を質問してるのかわからない状態に陥っていますが…
再度整理すると、
現状ではボタンのクリックイベント内に別のFormクラスを宣言させて、Show()メソッドでForm2を表示しています。
Form2で行いたいことは、Form2内のボタンを押すとファイルを読み取りファイルを編集し、終わった後にForm2を自動的に閉じる、というものです。
ですがファイルサイズが大きいので動作が重くなってしまい、呼び出したForm1が止まってしまいます。

Application.Run()を使ったら
単一スレッド上で 2 回目のメッセージ ループを開始することは有効な操作ではありません。Form.ShowDialog を使用してください。
というエラーが表示されてしまいました。