俺の周りでもファイルごと版数にこだわる人たちが多いよ。
SVNに移行したのも最近だよ。(やっとタグをつけるプロパティを発見したらしい)

どうも、バラバラなファイルが集まったものが成果物という認識らしい。
だから何が集まってできたものか管理したいらしい。
それにしてもいろいろ的外れなわけだけど。