どうやらPreferenceScreenで遷移した先のアクションバーは
編集不可なようなので、こちらを参考にして
Preference から別のActivity　（PreferenceActivityをextendsしている）を
呼ぶことにしました。
http://ksoichiro.blogspot.jp/2011/08/android-preferencescreen.html

これで、アクションバーを編集するということは解決しました。

が、次の問題として、
１つ目のActivity内のCheckBoxと
２つ目のActivity内のCheckBoxとに依存関係（dependency）を持たせたいのですが、
Keyが見つからないとして例外が発生してしまいます。

力技として、
１つ目のActivityと２つ目のActivityとで
Extraを使ってCheckBoxのtrue/falseを渡して
２つ目のActivity内で該当するCheckBoxPreferenceのEnable/Disableを
切り替えれば実現は出来るのですが。。。