それはツールとは言わないんじゃないかな
どちらかと言うとバッチ処理の類だと思うね
ツールこそ相互参照が超絶多いでしょ

例えば3Dモデラー自作とか考えてみなよ？
座標、重複頂点か、法線、頂点カラー、ポリゴン形成、マテリアル
軽く列挙しただけで、これらの単独情報が相互参照しまくりでしょ