最近オセロプログラムを作っています。
駒(?)をひっくり返しているアニメーションの間に、バックグラウンドで次の手をCOMに考えさせたいです。

COMが考えるためのスレッドを作りました。
マルチスレッドで処理すればアニメーションに影響はないと考えていました。
しかし、いざCOMに次の手を考えさせると、アニメーションが止まってしまいます。

実行したのははNexus7です。
駒を複数同時にひっくり返すので固まったのかと思いましたが、
COMに次の手を考える処理を軽くすると、アニメーションは複数同時に動きます。

原因はどこにあるんでしょうか？
どうにかアニメーションを止めずに裏で考えさせる方法はありませんか？