実用アプリのソースを読んで学びたいという気持ちは理解出来るな。

自分もなんかかんか言いつつ大学でも企業でも、配属された組織がそれなりの規模の
システムやフレームワークを開発運用していて、そのソースを読んで使って拡張する
中でその分野の技術を学べた。
なので例えば素直なつくりで学べる規模のWebアプリならうちのある社内システムの
ソースなんか丁度良いよなぁとは思うのだが、紹介できないのが残念だw

ちょっと真面目な話をすると、WebアプリならSpring MVC系とかPlayといった有名
どころのフレームワークのチュートリアルを一通りなぞるのも良いと思う。
これは別にフレームワークの使い方を学ぶのではなくて、こうしたチュートリアルには
ウェブアプリを設計する上での定番的な設計法が現れているので、幾つか試して比較する
ことでその辺りも見えてくるのではと。