みなさんありがとうございます。
ちなみに設定ファイルは
置換対象の文字.置換後の文字,置換対象の文字.置換後の文字・・・
という構成のテキストファイルです
暗号分はStringで持っているのでその内容を置換するには一区切りずつ取り出してString.replase()するしかないですか？