> SHA1が一致しててもMD5で不一致となる場合はありますか？

実際の確率の低さはともかくとして、ないかあるかと言えば、ありうる。

> では、SHA1でもMD5でも同一ならば、それは間違いなく同一ファイルといえますか？
> つまり、両ハッシュ関数で衝突を同時に起こすファイルって作成できますか？

具体的にこうすれば作成できる、という手順はいまのところ示せない。
（もしわかったら国際学会で発表できるレベル）

現実的には、もし仮にハッシュ値が同じだったら、中身を見て違うかどうか
確認するコードを付けておく、というのが現実的な解。