>>369
cygwinの起動するscriptの頭で指定するか、他の値入れたいアプリの頭で上書きすればいい。
昔から使われる環境変数だから他が被らないようにしてるんじゃないか。JAVAHOMEとか。
被せてくるのは素人か邪魔大好きなMSくらいじゃね。