>>37
索引ファイルはやりたいことと比べると大げさな気がするので避けたいです。

>>40
>>36では言葉足らずだったので補足します。
まず、処理対象ファイルのリストarrayが与えられます。
処理対象ファイルのリストは、指定されたディレクトリを再帰的に走査して
ファイル名、タイムスタンプなどの条件に合うファイルを集めたもので、
上限数1000個になったら走査は打ち切られます。

例えば、arrayの要素を/hoge/piyo, /hoge/foo/bar, /hoge/baka/aho とします。
forループの中で/hoge/piyoを処理したら、/hoge/piyo.java, /hoge/piyo.cなど
拡張子つきのファイルも存在すれば削除したいのです。
拡張子の種類は様々で直接指定することはできません。