質問させてください。

byte配列に対してbyte並びの検索をかけたいのです。
今はバイト単位での比較ループを回していますがもう少しすっきりした書き方はないものかなと……。
(内容が文字であればstringに変換してIndexOf()でいけるのですが、対象が00〜FFの何でもありなので)

STLであれば
vector<char> v1, v2;
･･･
vector<char>::iterator it = search(v1.begin(), v1.end(), v2.begin(), v2.end());
の機能です。

具体的には

byte[] v1 = File.ReadAllBytes("A.bin");
byte[] v2 = { 0xFD, 0xFE, 0xFF };

で、v1中でv2のバイト並びの位置を(存在すれば)返すようなものです。