久しぶりに伸びてるから何事かと思ったら…
MSYSの遅さとMinGWを混同してるのがいたのか

そもそもMSYSはCygwinからforkしたもので
単にライセンス形態が変わったものの中身はほとんどCygwinでI/Oはエミュレーションしてるから遅いんだけどな
Linuxと同様にconfigureとかmakeとかしてるんだったら
MSYSで動いてるbashがめちゃくちゃ遅いから全体が遅くなるのは当然の話

そこらへんを解決したいんだったらVPCでもVMwareでもVirtualBOXでもいいから
Linuxの環境を同居させてクロスコンパイルさせれば劇的に速くなる