DataTable dt; ←　ここにデータが入っていて、
List<DataTable> dts = new List<DataTable>();
DataTable temp = null;
for (int i = 0; i < dt.Rows.Count; i++) {
　　if (dt.Rows[i][0].ToString() == "S") {
　　　　temp = new DataTable();
　　　　temp.Columns.Add();
　　}
　　else if (dt.Rows[i][0].ToString() == "E") {
　　　　dts.Add(temp);
　　　　temp = null;
　　}
　　else if (temp != null) {
　　　　DataRow r = temp.NewRow();
　　　　r[0] = dt.Rows[i][0];
　　　　temp.Rows.Add(r);
　　}
}
DataTable[] dt2 = dts.ToArray();

コードが動かないならコード貼ったほうが早いぞ