ひとつの方法は、最後尾から順に、ランダムで選んだ前の場所と交換していく
コードは検証してないのでバグってるかも

for($n=$#a; $n>0; $n--){
$r=int rand ($n+1); #0〜$n
($a[$n], $a[$r]) = ($a[$r], $a[$n]);
}

終＿＿＿＿＿＿＿乱＿＿＿＿＿＿＿＿←＿＿＿＿＿＿＿始
未未未……未未未★未未未……未未未☆済済済……済済済
￣￣￣￣￣￣￣￣┗━━━交換━━━┛

ちなみに敢えて自己交換の確率を確保しておかないと偏ってランダムにならない
@a=(0,1);で考えればわかる