>>745
> 1つの画像ファイルに番号割り振った区画を作って

これは今でもやる。
1枚のテクスチャにいくつかの区画を作り、キャラの顔、頭部、腕と描いて、
どこの区画をどこのポリゴンに貼るか指定する。

> それをプログラミグのピクセル操作で管理したりしませんか？

これの意味が分からない。
「ピクセル操作」とは何か、「管理」とは何か、具体的に説明してくれ。

> 2Dを立体的に見せる技術だったり

amazon で「ドット絵」で検索すると何冊か出てくるが。