ライブラリはアプリに内蔵するのが一番だよ。
少なくとも出来る仕組みにする。

アプリのディレクトリがあって、
その中にライブラリのディレクトリを
作れるようにしておく。

そしてツール使って、そのアプリが使用する
ライブラリの表示や切り替えができるようにする。

WindowsのSideBySideに近い仕組み。